Juan José Guarnido nace en Salobreña (Granada), en 1967. Licenciado en Bellas Artes, en la segunda mitad de la década de los 80 participa en la edición de varios fanzines de cómic. Después, trabajará para la editorial Comics Forum-Planeta, creando portadas y pósters de superhéroes por los que comienza a ser conocido.
En 1990 se instala en Madrid, donde trabajará en la editorial Lápiz azul, realizando diseños y storyboards para proyectos como “Tintín”, “Sonic” o “La Pantera Rosa”. En esta editorial coincidirá con Juan Díaz Canales, con el que se embarcará posteriormente en la serie “Blacksad”.
En 1993 se establece en Francia y trabaja como animador para los estudios Walt Disney en películas como “El Jorobado de Nôtre-Dame”, “Hércules” o “Atlantis”. Juanjo fue el animador principal del personaje Sabor en la película de Disney Tarzán.
Tras abandonar Disney, volvió a entablar relaciones con Canales. Después de ponerse en contacto con varias editoriales, Guarnido y Canales firmaron con la editorial francesa Dargaud. En noviembre de 2000, se publicó Quelque part entre les ombres (Algún lugar entre las sombras).
En el año 2000 publicará el primer número de la saga “Blacksad”, con la que cosechará numerosos reconocimientos. En 2013 ganó dos premios Eisner en Venezuela, el primero de ellos compartido con Juan Díaz Canales, en la categoría de Mejor edición norteamericana de material internacional por su trabajo en Silent Hell (El infierno, el silencio), cuarto episodio de la serie Blacksad y el segundo en solitario, en la categoría de Mejor ilustrador/Artista multimedia, entre ellos, el Premio Nacional del Cómic 2014.